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國內國外開展微生物檢驗的食品類型較多，食品分類方式也各有不同。總的來看涉及到微生物檢驗的食品類型具體有：奶制品、預烹煮食品、生活用水、蛋制品、水果、谷類、嬰兒食品、肉及肉食品、無脊椎動物、禽肉、貝殼類、白明膠、香草（藥）、速食食品、罐頭、調味料，粉類制品、豆類食品、冷凍飲品、糖塊、海產品、甜品、蔬菜水果、藻類植物、食療食品、米面制品等。

在我國開展微生物檢驗的重點食品類型為：奶制品、罐頭、調味料、蛋制品、淀粉類制品、發酵和非發酵性豆類食品、冷凍飲品、糖塊、食用天然礦泉水等，之中食糖及其保健品的微生物檢驗為在我國所特有。